Bitki hastalıkları ile mücadelenin en önemli ayağı, hastalığın bulaşmasını önlemektir. Bundan sonraki aşamalar ise kimyasal mücadeleyi en az yapacak şekilde mücadele etmektir. Fiziksel mücadele de anlamda çok önemlidir. Sıcaklık bitki hastalıklarını önleme açısından en önemli fiziksel mücadele uygulamasıdır. Bitki hastalıklarına karşı yapılan fiziksel mücadelede kullanılan yöntemler şunlardır.

1- Sıcaklık uygulaması,

2- Radyasyon uygulaması,

3- Elektromanyetik dalgaların kullanımı ve

4- Su altında bırakmadır.

1- Sıcaklık Uygulaması

Sıcaklığın canlılar üzerindeki öldürücü etkisine dayanılarak bitki hastalık etmenlerinin öldürülmesinde değişik sıcaklık uygulamaları kullanılmaktadır. Çok etkili ve ekonomik bir yöntemdir. Bu işlem güneş enerjisinin çok olduğu yaz aylarında yapılmalıdır.

Canlılar belli bir sıcaklık aralıklarında yaşarlar. Sıcaklığın canlılar üzerindeki öldürücü etkisi kullanılarak bitki hastalık etmenlerinin öldürülmesinde farklı sıcaklık uygulamalarının yapılmasıdır.

a-Sterilizasyonu: Toprak sıcaklığını arttırarak toprak kaynaklı patojen, yabancı ot, nematod, zararlı böcekleri öldürmek veya baskı altına almak amacıyla güneş ışınlarını yakalamak veya toprağı ısıtmak için toprak yüzeyinin şeffaf plastik örtü ile örtülmesi tekniğidir. Kısaca güneş enerjisinden yararlanılarak toprağın dezenfeksiyonuna solarizasyon adı verilir   Kısaca topraktaki patojen etmenlerine karşı toprağa sıcaklık uygulaması yapılarak toprağın hastalık etmenlerinden temizlenmesidir. En etkili yöntem buhar uygulamasıdır. Bu yöntem özellikle seralar, fidelikler ve fide yastıklarında kullanılan pahalı bir sistemdir. Bu yöntemde topraktaki tüm hastalık etmenleri ve yabancı ot tohumlarına karşı yüzeysel ya da toprağa enjeksiyon şeklinde buhar uygulaması yapılır. Yüzeysel buhar uygulamasında üzeri ve kenarları plastik örtüyle kapatılmış toprak yüzeyine buhar püskürtülmesi şeklinde yapılır. Örtü altına gönderilen 65-75 °C arası sıcaklıktaki buhar toprağa girdiğinde 0-5 cm arası derinliğe 10 dakikada, 15-20 cm arası derinliğe de 6-8 saat sonra ulaşır.

Enjeksiyon şeklinde toprağın içine uzatılmış ve belirli derinlikte tesis edilmiş delikli borularla patojenin cinsine göre belli sıcaklık derecesinde buhar uygulaması yapılır. Seralarda en yaygın olan uygulama 70 °C sıcaklıkta 30 dakika uygulamasıdır. Toprak sıcaklığı 90 °C’yi aştığı zaman toprak içinde bulunan faydalı mikroorganizmalar da yok olur.

b- Solarizasyon: Bu yöntemde toprağın steril edilmesinde güneşin ısı enerjisinden faydalanılır. Solarizasyon işleminde ilk önce yılın en sıcak aylarında toprak işlenerek keseklerinden ve yabancı otlarından temizlenir. Sonra toprak sulanarak toprak içindeki mikroorganizmaların aktifleşmesi sağlanır. Daha sonra toprağın üzeri ultraviyole ışınlarına (güneşin zararlı ışınları) karşı dayanıklı şeffaf polietilen örtüyle kaplanır. Toprak bu şekilde 30-45 gün güneş ışınlarına maruz bırakılır. Ara ara sulama yapılarak toprağın nemli kalması sağlanır. Örtüyle toprak yüzeyi arasında boşluk bulunmamalıdır. Bu yöntemle toprağın 10-15 cm derinliğine kadar toprak kaynaklı patojenler, yabancı ot tohumları, nematodlar ve zararlı böcekler yok edilir. Çok etkili ve ekonomik bir yöntemdir 

c- Çoğaltma Organlarına Sıcak Su Uygulaması: Burada en önemli nokta, uygulanacak sıcaklığın hastalık etmenini öldürmesi fakat üretim materyaline zarar vermemesidir. Özellikle üretim materyalinin bakteri ve virüslerden arındırılmasında kullanılan bir yöntemdir

Bitkilerde birçok hastalık etmeni çoğaltma materyallerinin bünyesinde bulaşık durumdadır. Çoğaltma materyallerinin ekim veya dikimiyle bu etmenler, faaliyete geçerek bitkinin hastalanmasına neden olacaktır. Sıcak su uygulaması, çok eski zamanlardan beri kimyasal ilaçlar kullanılmadan önce uygulanan bir yöntemdir. Sıcak su uygulaması tohum, yumru, soğan, kalem, göz, çelik gibi çoğaltmada kullanılan materyallerin üzerine yerleşmiş olan hastalık etmenlerinin sıcak suyla yok edilmesidir. Özellikle bitki üretim materyallerinin bakteri ve virüslerden arındırılmasında kullanılan bir yöntemdir. Burada en önemli nokta, uygulanacak suyun sıcaklığı ve suda tutma süresidir. Sıcak su, hastalık etmenini öldürmeli fakat üretim materyaline zarar vermemelidir. Bu nedenle bitkinin dayanabileceği en yüksek sıcaklık derecesindeki su kullanılmalıdır.

Her çoğaltma materyalinin dayanabileceği sıcaklık derecesi farklı olabilir. Tohumlara sıcak su muamelesinden önce bir ön ıslatma işlemi uygulanabilir.

d- Çoğaltma Organlarına Sıcak Hava Uygulanması: Bitki çoğaltma kısımlarının kuru havaya maruz bırakılması işlemidir. Önce bitki materyaline ön ısıtma yapılır. Daha sonra bitki materyal 70 °C ’de 2-7 gün boyunca kuru ve sıcak havada tutulur. Kuru ve sıcak hava uygulaması daha çok viral hastalıklara karşı uygulanır.

e- Depolanan Bitkisel Ürünlere Sıcak Hava Uygulaması: Depolanan ürünlere sıcak hava uygulaması fazla nemin uzaklaşmasını ve yaraların daha çabuk iyileşmesini sağlayarak enfeksiyonu engeller. Bu işlem, tütün yapraklarına ve patates yumrularına uygulanabilen bir yöntemdir.

f- Soğuk Uygulamasıyla Hastalıkları Önleme: : Bitki patojenlerinin çoğu düşük sıcaklıklarda iyi gelişemezler. Özellikle hasat sonu çürümeleri önlemek için düşük sıcaklıkta depolama önerilmektedir.

Taze meyve ve sebzelerin hasat sonunda çürümelerini önlemek için ürünlerin düşük sıcaklıkta depolanması gerekir. Düşük sıcaklık uygulaması özellikle mantarların gelişimini yavaşlatarak ölmesini sağlar.

2. Radyasyon Uygulaması

Radyasyonun mikroorganizmaları öldürücü etkisinden faydalanarak bitki patojenlerini önlemek için kullanılan bir yöntemdir. Bu yöntem, bazı ürünlerde depo ve ulaşım esnasında oluşabilecek çürümeleri geciktirmek için kullanılır.

3. Elektromanyetik Dalgaların Kullanımı

Elektromanyetik ışınlar, bazı besin maddelerinin steril edilmesinde kullanılır. Bu ışınlar, canlı bitkide hasar bıraktığı için kullanılmaz. Radyo frekansları ve mikrodalgalar özellikle depolanan ürünlerdeki mikroorganizmaları öldürmede etkilidir.

4. Su Altında Bırakma

Mantarların tamamı ve bakterilerin aerob (oksijenli ortamda yaşayan) özellikte olanları gelişebilmek için oksijene ihtiyaç duyar. Bu nedenle bitkilerin hastalıklı kısımlarını ve toprağı su altında tutarak bitkilerde oksijen yokluğu sağlanır. Bu yöntem hastalık etmenlerinin etkisiz hâle gelmesini sağlar. Örneğin kesilmiş ağaçlardan elde edilen tomruklar kullanılacağı zamana kadar su içinde tutularak çürüklüklerden korunur.